目前還有許多制藥企業，使用的都是蒸汽式熱風循環烘箱和遠紅外線熱風循環烘箱。因能耗大，效率低，對工作環境影響大(溫濕度和粉塵)，近幾年逐漸被微波熱風循環烘箱滅菌機所取代。微波熱風循環烘箱滅菌機，以能耗低、效率高、對環境影響小等特點，被越來越多的企業所采用。微波滅菌熱風循環烘箱機在前處理階段、主要有3項功能：熱風循環烘箱、滅菌、破壁。

微波加熱的原理：一是通過“介電損耗”(介電加熱)。具有永久偶極的分子在2 450 MHz的電磁場中所能產生的共振頻率極高，使分子超高速旋轉，動能迅速增加，從而導致溫度升高;二是通過離子傳導。離子化的物質在超高頻電磁場中以超高速運動，因摩擦而產生熱效應。極性分子(主要是水分子)加熱汽化后被設備上的軸流風機抽走，物料被熱風循環烘箱。

微波滅菌的原理：微波殺菌是微波的熱效應和生物效應共同作用的結果。微波對細菌熱風循環烘箱的熱效應是使蛋白質變性，使細菌失去營養、繁殖和生存的條件而死亡;生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細菌結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，決定細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸(RNA)和脫氧核糖酸(DNA)，是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲形大分子。足夠強的微波場可以導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變，甚至斷裂。微波滅菌熱風循環烘箱機就是利用微波的上述功能達到滅菌的目的。根據微波滅菌的原理，對滅菌后的物料進行菌檢時要注意時間熱風循環烘箱，間隔時間過短會使受損的細菌細胞得到修復，使檢驗結果失真。
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